Rūdninki mają trzy jeziora. „Jezioro Kernavas (81 ha) jest otoczone ze wszystkich stron bagnami, głównie karłowatymi bagnami porośniętymi olchą lub karłowatymi sosnami. Jezioro „Šulnio” (1,5 ha), położone w pobliżu wielokąta, jest również otoczone mokradłami. Jest to typowe dystroficzne jezioro wysokotorfowiskowe z wieloma liliami wodnymi o małych kwiatach. Na południowy wschód od Rūdninki, na bagnach ograniczonych wydmami kontynentalnymi, znajduje się jezioro „Gulbino”.
